L'Inquisizione è stata un'istituzione che, in diversi momenti della storia, ha perseguito i cittadini del Mondo Magico.
Nel Seicento le persecuzioni operate dall’Inquisizione nei confronti del Mondo Magico portarono alla distruzione delle academiae italiane di Catania, Urbino e Venezia (rispettivamente legate alle congreghe Phoenixaeris, Gorgonaes e Krakenaureus), colpendo duramente anche le altre. Le superstiti giunsero alla conclusione di aderire al progetto dello Statuto Internazionale di Segretezza della Magia che sarebbe stato firmato nel 1689.